Эти пропадающие дома — следствие настройки в игре, которая отключает отображение Arena Objects! По-моему, называется "Использовать упрощённое отображение", но могу подсказать и консольную команду, убирающую её. После этого дома должны появиться.
Ну и да, по традиции чистим игру от модов перед установкой новых!