1)это очень нудно чинить, надо сделать по 7 дублей моделей и вписать им флаги, ну допустим через редактор карт это быстро делается, но самая нудятина начинается когда надо красить флаги - у героев вроде файдаэна, раилага, красного ренегата флаги надо красить, потому что у них флаги уникальные, ну и у кого-нибудь обязательно флаг будет связан с большим куском текстуры, это у тёмных эльфов так и у некромантов
В NHF кроме флагов есть ещё обвес, например у годрик уникальный щит с рельефные единорогом - вещь классная, но у каждой такой дополнительной детали надо искать геометрию чтобы всё работало (если собираешься делать на его основе мод с всеми флагами) 

2)тиеру нет, как и агбета, на картах стоят обычные герои, а в их свойствах вбиты кастомных иконки, имена, биографии

3)это скриптами делается, я не шарю