Возникла мысль альтернативных построек в городе. Например, либо склад, либо капитолий.

Т.е. сначала создадим проблему (халявные склады, открывающие доступ к халявному развитию шахт), а потом будем её решать, путём всяческих запретов на капитолий и т.д.? Интересный подход.

А что мешает другому игроку поступить так же?

Ещё раз говорю, понятие "баланс" шире, чем ты представляешь. Можно например опустить какие-нибудь альтгрейды до неприлично низкого уровня, при этом их никто выбирать не будет, но "баланс" в твоём смысле не пострадает, ведь фракция в целом будет сохранять статистику результатов, за счёт других грейдов. Баланс - это ещё и равноправный выбор, которого у тебя не будет (конвертирование жилищ будет происходить практически на автомате, ровно то же самое что и в Г6).

Помимо этого, грейд можно вобще запретить без постройки склада (Далее "мастерская" - ну, можно так переназвать).

Вот это уже более зрелая идея, чем со скидками.