Если вникать при игре в сюжет всех игр, то непонятных и нелогичных моментов вообще минимум. Четкая (и, надо сказать, весьма и весьма интересная и оригинально оформленная) предыстория есть, информация о культуре большинства народов - тоже, как и история у королевств и т.п. Не спорю, встречаются отдельные противоречия, но х очень мало, да и практически во всех fiction-вселенных они встречаются в той или иной степени.
Что ж, возможно, моя проблема в том, что я играл только в Героев.
По поводу, конкретных примеров, происхождение Сопряжения как альянса четырех стихий из Измерений Элементалей, пришедшего на помощь Эрафии против криган Эофола и Клинка Армагеддона, более чем внятно описывается в кампании "Клинка Армагеддона".
Мне так не показалось. Довольно наскоро и грубо впилено. Какие-то измерения элементалей... Что-то такое с уклоном в паранауку.
Порталы в HoMM4 - да, deus ex machina, но тут скорее претензия в целом к ОЧЕНЬ глупой идее с Расплатой, оборвавшей существование Энрота и имевшуюся в нем массу перспективных сюжетных линий. А сами порталы вполне органично обеспечили попадание выживших на Аксеот.
Согласен, но и к порталам можно привести претензии. Например, странно получается, что столетиями люди жили и ни о каких порталах не ведали, а тут БАХ! -- и вот вам спасение на блюдечке.