- Справочник, руководство на русском языке для Heroes 3.

Так вот я и спрашиваю, почему "он"(навык) сгорит? А не, предположим, пойдет туда, где 0?

Это - к Ван Канегему вопрос, а не ко мне. :) Так решили программисты игры и логика здесь не при чем. Тут просто пересеклись два заложенных в игру правила - выпадение случайным образом повышения первичного навыка и то, что навыки не могут быть более 99. Соответственно, когда проверка на максимум показывает достижение этого предела, бонус "сгорает". Это просто факт, один из многих.