Я не в коем случае сейчас не осуждаю разрабов. Они делали в первую очередь рабочую игру, а не красивую и удобную структуру файлов.
Возможно подобное могло произойти и с кодом. т.к.причины по которым менялась структура файлов, вполне могли повлиять и на изменения в структуре кода. Тут я не силен и просто делаю предположение.