Проблема решена. (Прошу поменять в заголовке на BC2, опечатался, ибо подразумевался DXT3)
Решение проблемы кроется, как уже выше упомянули, в неправильном цвете. Однако распишу подробнее для потомков.
1) Самый нижний слой-фон должен быть черным, поверх него отрисовывается текстура
2) Выделяете текстуру целиком в отрыве от фона и создаете альфа канал, выделение заливаете белым
3) Сохраняете в BC2 или другом формате. Отключаете MIP map
Правда нерешенным остался вопрос, можно ли в таком случае что-то сделать с темным полупрозрачным фоном, из-за альфа канала по черному цвету на текстуре становятся немного прозрачными некоторые элементы. Для меня не критично, но сам я с этим вряд ли разберусь.
