Что бы вы исправили в Четвёртых?

Проблема в том, что в третьих героях были АПГРЕЙДЫ. Мерзкая, раздражающая и не привносящая ничего полезного в игру особенность.

Ну, уж сразу и мерзкая. Апгрейды были во всех частях Героев, кроме 4-ки, это особенность классических HoMM. Странно выступать против одной из типических черт игры, вообще говоря.
Что же до привнесения полезного - как минимум, это одна из составных экономики игры. Например, ты можешь построить всех существ в замке и любоваться их приростом, апгрейд же отложить на потом, вкладывая деньги, например, в другой замок, в покупку артефактов, в отстройку магии, наконец. А можешь сразу вложить деньги в какой-нибудь апгрейд, который тебе представляется наиболее существенным для быстрой зачистки карты.
Я уж не говорю о том безумном количестве единиц какого-либо ресурса, требуемого для апгрейда существ 7-го уровня - погоня за лишним кристаллом или самоцветом существенно меняет действия игрока, вплоть до выбора пути зачистки карты, если впереди маячит заветная кучка ресурсов.
Если ты помнишь, обменные курсы в трёшке совсем не такие приятные, как в четвёрке, поэтому выкладываемые за Гильдию магии и апгрейды ресурсы - это очень важная стратегическая составляющая.

Из-за этих апгрейдов была целая куча проблем: некроманты не могли превращать скелетов в скелетов-воинов (т.к. навык "Некромантия" делал лишь обычных скелетов, которые не имея специального слота в армии просто исчезали).

Надо заметить, что как минимум в SoD (а может, уже и в AB, не уверена) при отсутствии в армии героя-некроманта свободного слота и наличии стека скелетов-воинов после боя он получает именно апгрейженных скелетов.
И вообще, что за стратегия без проблем? Без проблем - Barbie Fashion Designer.