насколько я помню сейвы, реплеи, настройки и некоторая прочая инфа в моих доках сохраняется
на забэкапить никогда не помешает :)

зы. проверь сценарий на чистой игре -- без впихания туда всех своих файлов (ну сейвы надо будет впихнуть конечно)
а лучше сценарий будет переиграть
также пропробуй переиграть сценарий с кодами
поясняю - быстренько с помощью кодов выполняешь все задания, добираешься до нужного места и смотришь работает ли скрипт
если работает, то начинаешь заново легально