Войны вам не избежать, никак, быть мутантом-повстанцем и сотрудничать с GDI тоже не получится.
Не выбравшие одну из двух сторонон автоматически считаются военнопленными, врагами обоих режимов, сгоняемыми в концентрационные лагеря, гнущими там пару месяцев спины, а затем отдаваемые на болезненные и смертельные медицинские опыты.