Например, я решил поставить на карту город академию, в которой вместо гаргулий будут наниматься лучники, арбалетчики и стрелки.

А ничего, что существа из разных фракций и не будут соответствовать по БД?
Я предложил пока наиболее оптимальный способ для общего случая : клонирование города и изменение клона под ИД йети или чернорыцаря (если нужен 3 , то тут либо мантикора, либо рыцарь смерти). Этих существ можно заменить на что угодно (хоть из NCF) и у нас не будет никаких штрафов, минимальные влияния на другие карты.

Но автору, как оказалось, нужен NCF:

есть такой мод, добавляющий город нагов из 6 в 5,сделан на основе эльфов только он не доработан, я хочу заменить там друидов на водных элементалей и может зеленых драконов на водяных титанов(из проекта NCF)

При использовании NCF же, достаточно ИД именно для NCF заменить на нужное нам существо (его ИД), к которому уже будут привязаны моделька и прочее. Не забываем изменять для нужных существ фракцию.
NCF - это мод и даже с "ехе", то есть игра уже будет не оригинальной(тут 3.1). Карта без NCF с городом наг всё равно работать не будет. Если это сингл - то всё хорошо, для мульта же, имхо, не стал бы такого делать.