UPD: Выяснилось, что, во-первых, утилита не работает только с кампаниями, а с отдельными сценариями всё нормально. Во-вторых, когда я экспортировала сценарии из кампании и попыталась извлечь скрипты из каждой карты по отдельности, она выдала мне тонну совсем странных ошибок, в основном вида "command not found + куча нечитаемых символов" и в какой-то момент упала. Что касается самих карт, то на первой действительно есть сомнительные скрипты, но на второй скриптов нет вообще. Обе карты нормально открываются в редакторе и в игре. Также первая карта раньше успешно обрабатывалась в H4Util (были варнинги где-то, но результат был нормальным). То есть, проблема не в самих скриптах (по крайней мере, не только в них). А в чем еще она может быть?
UPD 2: Проблема решилась повторным скачиванием H4Util с другого сайта. Там просто не хватало одного файла, и из-за этого при наличии на карте определенных объектов она, похоже, уходила в бесконечный цикл/рекурсию, съедала всю память и падала. К сожалению, я не помню, где взяла плохую версию, но зато знаю, что версия вот отсюда http://www.celestialheavens.com/viewpage.php?id=157 хорошая.