Хм, действительно. Раньше я по заветам мануалов давал ману и ставил задержку sleep(1), но вызов каста после этого не проходил. Увеличил задержку на порядок - мана у существа появилась и заклинание прошло. Но рассинхронизация поле боя и ATB-шкалы при этом такая же как я описывал.
Упрощенный код:

function DefenderCreatureMove(unit)
  local last_mana = GetUnitManaPoints(unit);
  SetUnitManaPoints(unit, 100);
  sleep(30);
  local player_units = GetCreatures(ATTACKER);
  UnitCastAimedSpell(unit, SPELL_BLIND, player_units[0]);
  sleep(1);
  SetUnitManaPoints(unit, last_mana);
end

Добавлено через 22 минуты
Хотя похоже что тут какая-то более общая фишка механики - когда я накладываю обычное заклинание героем, оставшаяся длительность его действия тоже различается если смотреть через существо на поле и через иконку на шкале. Но периодически оно синхронизируется.