MMH5.5 - Герои Меча и Магии 5.5

How are you going to cope with shatter perks that increase the mana requirement by a factor of 2?

Очевидно, ослабить их до 1.5 (как было в оригинале). Вы усиливали эти умения потому, что знание в затяжных играх не отыгрывало и вполовину от того, как должно было отыгрывать.
А между тем, при правильном балансе х1.5 цены должно соответствовать по силе штрафу -33% SpellPower (и в том, и в другом случае параметр как бы режется в 1.5 раза)

how many damage will "Meteor shower" have as basis and how much will be spell power increase?

Если сейчас множитель 20, то навскидку - 30. Т.е. та же формула N*(Spellpower + 1), но с множителем 30.
Но может быть, и 25, надо тестировать.

Добавлено через 5 минут

I saw it and some of the changes (Haste, endurance) will make might heroes overpowered as their mana price is affordable and the flat boost is high.

1) Haste ослаблялся, а не усиливался (нет бонуса от SP)
2) Endurance и Righteous Might колдуются по площади 4х4, а не на все войска (причем Endurance против Magic не особенно полезен, а Righteous Might массовый вдвое дороже и стоит аж 40 маны)
3) длительность чар = 1 + 0.2 * SP (пока SP < 10 для воина это ослабление)
Я про все это писал.

This way Magic hero with Light will compensate the stat difference when he fights against Might classes.

Вы видели бонусы к Endurance или Righteous Might? Там 50% SP идет в параметр, а не жалкие 10-15%. Как раз за счет этих заклинаний Magic-классы могут конвертировать свои SP в нападение и защиту, если им дать достаточно времени.

Добавлено через 7 минут

If this artifact stats is in the exe file then we cannot do it. Probably some other negative effect will be added.

Штрафы тут мало помогут.
-1 к боевому духу это ничто (особенно для Magic классов, а для некроманта этого штрафа вообще нет)
Либо вам придется одновременно штрафовать все параметры (например, -4 ко всем первичным параметрам героя и цена 40k).