Да все просто, поднимать размер стартовых армий (там где нет машин), чтобы более мощные машины уже не давали такого преимущества.

Неплохая идея, но, к сожалению, не все так просто.
Численность стартовой армии у героев привязана к специализации, а изменение специализации это прямой путь к модификации exe-шника игры. В общем это несколько выходит за рамки проекта.

Можно конечно обработать все стандартные карты, чтобы на старте скрипт выдавал героям "машинистам" дополнительные существа к стартовым, но это тоже тот еще костыль.

Другой вариант: выдавать машины не сразу, а по по достижении 2 уровня (например).

Опять же, реализовать можно только через скрипт-костыль.

---
Компенсация потери стартовых машин для героев должна работать на всех картах, и в т.ч фанатских/созданных самим игроком/сгенерированных и д.р.
Поэтому можно оперировать лишь статами,спелами, перками и скилами, только они работают везде, вне зависимости от происхождения карты.